การฝังเข็มเป็นวิธีที่มีมานานกว่า 2000 ปี และสามารถฝังเข็มรักษาไมเกรนได้ และมีการใช้งานกันอย่างแพร่หลายในประเทศจีนและญี่ปุ่น ซึ่งในภาษาจีนและญี่ปุ่นเรียกว่า เซียน จึงมักจะเรียกว่า ฝังเข็มเซียน ซึ่งหมายถึงการใช้เข็มเจาะผิวหนังเพื่อเข้าถึงจุดต่าง ๆ บนร่างกายเพื่อให้เกิดประโยชน์ต่อสุขภาพ

การฝังเข็มสำหรับรักษาโรคไมเกรนนั้น จะฝังเข็มบนจุดต่าง ๆ ของร่างกายที่เชื่อกับการระบายน้ำเหงื่อ การเจ็บปวด และการเสียดสีดวงทวารหนัก โดยฝังเข็มนั้นจะต้องถูกฝังลึกเข้าไปในผิวหนังประมาณ 1-3 ซม. โดยไม่ทำให้เลือดออก หรือทำให้เกิดอาการปวดเจ็บ

การฝังเข็มเพื่อรักษาโรคไมเกรนมีความปลอดภัยสูง และมีผลการรักษาที่มีประสิทธิภาพในการบรรเทาอาการไมเกรน โดยฝังเข็มจะช่วยให้ระบบประสาทส่วนกลางสมาสเรียงผลิตสารเคมีต่างๆ เช่น อะดรีนาลีน และอีนเดอร์ฟิน ที่ช่วยลดอาการปวดที่เกิดขึ้นในระยะสั้น และยังช่วยลดความเสียดสีดวงทวารหนักและเจ็บปวดระยะยาว